本系為全台灣第一所隸屬於醫學院內的視光學系，落實基礎科學、基礎醫學、臨床視光與跨領域課程整合，培育具馬偕博士奉獻精神之視光專業人才，提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育。

馬偕醫學院視光學系整合馬偕醫院四大院區臨床資源，拓展生物醫學與視覺科學領域研究，開設視光醫材光學設計應用與視光醫學工程等跨領域課程，增加學生的專業能力與第二專長，培育學生成為專業的驗光師以及視光醫學與光學相關材料之醫學研發人才。