視光學系設立的理念及目標為培育臨床實務、業界專長與基礎研究並重之視光專業人才，以醫學院為主體的教育體制下，將基礎科學、基礎醫學、臨床視光與跨領域教育加以整合，培育具馬偕博士奉獻精神之視光專業人才，提供學生「身、心、靈完整醫治」之視光全人醫學教育。
課程規劃以臨床視光學及實驗課程、基礎科學課程、基礎醫學課程為三大主軸，並與業界公司跨領域課程合作，例如醫材光學與人工智慧演算法等。本系整合馬偕紀念醫院四大院區臨床資源，與國內知名企業合作，並和國際視光學術界接軌，培育具專業醫學素養之視光醫事人員。